RNA–Protein interactions for RNA: YHR111W

UBA4, Transcript of E1-like protein that activates Urm1p before urmylation, yeast

Gene UBA4, Length 1,323 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBA4	YHR111W	CDC8	P00572	216 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	SPS1	P08458	490 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RPL1A	P0CX43	217 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RPL1B	P0CX44	217 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	NSP1	P14907	823 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	TRM1	P15565	570 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	HSP26	P15992	214 aa	Known RBP RIP-Chip data	10.13	□□□□□ -0.79	not detected
UBA4	YHR111W	HEM15	P16622	393 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RDS2	P19541	446 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	GUT2	P32191	649 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	GDA1	P32621	518 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	TOM20	P35180	183 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	ELO1	P39540	310 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	ARH1	P48360	493 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	OSH6	Q02201	448 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	CCE1	Q03702	353 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RCO1	Q04779	684 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	BLS1	Q06071	122 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	VTA1	Q06263	330 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	PLB3	Q08108	686 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RKM5	Q12367	367 aa		10.13	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	SEM1	O94742	89 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	KAR4	P25583	335 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	YCR099C	P25657	155 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	TFC3	P34111	1160 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RPC37	P36121	282 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	LAS1	P36146	502 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	ALA1	P40825	983 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	ARP4	P80428	489 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	10.12	□□□□□ -0.79	not detected
UBA4	YHR111W	NOP6	Q07623	225 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	ALR1	Q08269	859 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	NUR1	Q12066	484 aa		10.12	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RAD1	P06777	1100 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RPB2	P08518	1224 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RED1	P14291	827 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	PPH21	P23594	369 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	OCA5	P38738	679 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	YHI9	P38765	294 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	FET5	P43561	622 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	DUG1	P43616	481 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	YAT1	P80235	687 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	CDC123	Q05791	360 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	GTT2	Q12390	233 aa		10.11	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	ILS1	P09436	1072 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	GPA2	P10823	449 aa		10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	SCL1	P21243	252 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	AMS1	P22855	1083 aa		10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	NUP85	P46673	744 aa		10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	PNP1	Q05788	311 aa		10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	BNA5	Q05979	453 aa		10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	SYT1	Q06836	1226 aa		10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	STB3	Q12427	513 aa		10.1	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RPO26	P20435	155 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	VPS34	P22543	875 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	YSR3	P23501	404 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	SFP1	P32432	683 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RRP1	P35178	278 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	SPP381	P38282	291 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	LSM5	P40089	93 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	CCT8	P47079	568 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	HST2	P53686	357 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	RSC2	Q06488	889 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	NUS1	Q12063	375 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	YOR012W	Q12351	137 aa		10.09	□□□□□ -0.79
UBA4	YHR111W	PHO3	P24031	467 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	MSH1	P25846	959 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	MF(ALPHA)2	P32435	120 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	YEL073C	P39974	107 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	ZIM17	P42844	174 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	YJL107C	P42947	387 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	NNF1	P47149	201 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	YLR456W	Q06199	204 aa		10.08	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	DED81	P38707	554 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	SSN3	P39073	555 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	MNN1	P39106	762 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	PET130	P47065	347 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	ZRG17	P53735	605 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	KTR5	P53966	522 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	NAM8	Q00539	523 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	SHR3	Q02774	210 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	STE2	D6VTK4	431 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	ADH4	P10127	382 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	TIP20	P33891	701 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	PIM1	P36775	1133 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	YAL037W	P39728	267 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	TY4A-J	P47023	414 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	NRM1	P53718	249 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	SLT2	Q00772	484 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	SPP2	Q02521	185 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	RSC3	Q06639	885 aa		10.07	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	RSC6	P25632	483 aa		10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	LRG1	P35688	1017 aa		10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	RPF2	P36160	344 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	HAT2	P39984	401 aa		10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	CEP3	P40969	608 aa		10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	SSU1	P41930	458 aa		10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	HXT16	P47185	567 aa		10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	ZIP2	P53061	704 aa		10.06	□□□□□ -0.8
UBA4	YHR111W	HXT15	P54854	567 aa		10.06	□□□□□ -0.8

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