RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000622020.4

NPHP4-211, Transcript of nephrocystin 4, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene NPHP4, Length 3,004 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4-211ENST00000622020 IGF1RP08069 1367 aa22.46■■□□□ 1.19
NPHP4-211ENST00000622020 MAPKBP1O60336 1514 aa22.46■■□□□ 1.19
NPHP4-211ENST00000622020 SETD5Q9C0A6 1442 aa22.45■■□□□ 1.18
NPHP4-211ENST00000622020 WDR97A6NE52 1622 aa22.42■■□□□ 1.18
NPHP4-211ENST00000622020 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa22.41■■□□□ 1.18
NPHP4-211ENST00000622020 NCAPD3P42695 1498 aa22.38■■□□□ 1.17
NPHP4-211ENST00000622020 CFTRP13569 1480 aa22.37■■□□□ 1.17
NPHP4-211ENST00000622020 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa22.34■■□□□ 1.17
NPHP4-211ENST00000622020 TIAM1Q13009 1591 aa22.33■■□□□ 1.17
NPHP4-211ENST00000622020 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP22.33■■□□□ 1.17
NPHP4-211ENST00000622020 ANP32CO43423 234 aa22.32■■□□□ 1.16
NPHP4-211ENST00000622020 NEFLP07196 543 aa22.31■■□□□ 1.16
NPHP4-211ENST00000622020 FHOD3Q2V2M9 1422 aa22.29■■□□□ 1.16
NPHP4-211ENST00000622020 ANP32EQ9BTT0 268 aa22.28■■□□□ 1.16
NPHP4-211ENST00000622020 HMGXB3Q12766 1538 aa22.26■■□□□ 1.15
NPHP4-211ENST00000622020 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.25■■□□□ 1.15
NPHP4-211ENST00000622020 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP22.24■■□□□ 1.15
NPHP4-211ENST00000622020 TONSLQ96HA7 1378 aa22.2■■□□□ 1.14
NPHP4-211ENST00000622020 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.17■■□□□ 1.14
NPHP4-211ENST00000622020 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP22.17■■□□□ 1.14
NPHP4-211ENST00000622020 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.17■■□□□ 1.14
NPHP4-211ENST00000622020 BCL11AQ9H165 835 aa22.16■■□□□ 1.14
NPHP4-211ENST00000622020 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP22.16■■□□□ 1.14
NPHP4-211ENST00000622020 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.14■■□□□ 1.14
NPHP4-211ENST00000622020 CHIC2Q9UKJ5 165 aa22.13■■□□□ 1.13
NPHP4-211ENST00000622020 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP22.13■■□□□ 1.13
NPHP4-211ENST00000622020 CCER2I3L3R5 266 aa22.1■■□□□ 1.13
NPHP4-211ENST00000622020 ARID3CA6NKF2 412 aa22.09■■□□□ 1.13
NPHP4-211ENST00000622020 MAP3K1Q13233 1512 aa22.09■■□□□ 1.13
NPHP4-211ENST00000622020 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa22.09■■□□□ 1.13
NPHP4-211ENST00000622020 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa22.08■■□□□ 1.13
NPHP4-211ENST00000622020 MTUS2Q5JR59 1369 aa22.08■■□□□ 1.12
NPHP4-211ENST00000622020 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP22.04■■□□□ 1.12
NPHP4-211ENST00000622020 PTPRKQ15262 1439 aa22.04■■□□□ 1.12
NPHP4-211ENST00000622020 CCDC18Q5T9S5 1454 aa22.01■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 FGD6Q6ZV73 1430 aa22.01■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 FOXD1Q16676 465 aa21.99■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 FANCD2Q9BXW9 1451 aa21.98■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa21.96■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 CCDC184Q52MB2 194 aa21.96■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 CFAP43Q8NDM7 1665 aa21.95■■□□□ 1.11
NPHP4-211ENST00000622020 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa21.95■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.95■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 FYCO1Q9BQS8 1478 aa21.94■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 FAM9BQ8IZU0 186 aa21.93■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 WASHC2AQ641Q2 1341 aa21.92■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 NESP48681 1621 aa21.92■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 MSH5O43196 834 aa21.91■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa21.9■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 UACAQ9BZF9 1416 aa21.9■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.89■■□□□ 1.1
NPHP4-211ENST00000622020 NAIPQ13075 1403 aa21.88■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 HFM1A2PYH4 1435 aa21.87■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 FMN1Q68DA7 1419 aa21.87■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP21.85■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 NCOA2Q15596 1464 aa21.84■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP21.84■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 PRDM2Q13029 1718 aa21.83■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP21.83■■□□□ 1.09
NPHP4-211ENST00000622020 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP21.82■■□□□ 1.083e-7■■■■■ 59.9
NPHP4-211ENST00000622020 TOPBP1Q92547 1522 aa21.82■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 POLR3GLQ9BT43 218 aa21.82■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 PTPN23Q9H3S7 1636 aa21.81■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 L3MBTL2Q969R5 705 aa21.81■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 MYOM3Q5VTT5 1437 aa21.8■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa21.8■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.79■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa21.79■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 EFCAB5A4FU69 1503 aa21.78■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 MRS2Q9HD23 443 aa21.78■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 ERICH6Q7L0X2 663 aa21.77■■□□□ 1.08
NPHP4-211ENST00000622020 MPHOSPH9Q99550 1183 aa21.77■■□□□ 1.07
NPHP4-211ENST00000622020 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.73■■□□□ 1.07
NPHP4-211ENST00000622020 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP21.71■■□□□ 1.07
NPHP4-211ENST00000622020 KDM5BQ9UGL1 1544 aa21.7■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP21.7■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 DNAJC5BQ9UF47 199 aa21.7■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 NBPF8Q3BBV2 869 aa21.69■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa21.68■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa21.66■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 PPP4R2Q9NY27 417 aa21.65■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa21.65■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP21.65■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 KDM6BO15054 1643 aa21.64■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP21.64■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 GRIN2BQ13224 1484 aa21.64■■□□□ 1.06
NPHP4-211ENST00000622020 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.63■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 CUL7Q14999 1698 aa21.62■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP21.62■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP21.62■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 CNTLNQ9NXG0 1405 aa21.62■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 CCDC7Q96M83 1385 aa21.61■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP21.6■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 FANCIQ9NVI1 1328 aa21.58■■□□□ 1.05
NPHP4-211ENST00000622020 KIF7Q2M1P5 1343 aa21.58■■□□□ 1.04
NPHP4-211ENST00000622020 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP21.57■■□□□ 1.04
NPHP4-211ENST00000622020 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa21.56■■□□□ 1.04
NPHP4-211ENST00000622020 UGGT2Q9NYU1 1516 aa21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.5 ms