RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498751.1

SYNE1-231, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 578 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-231	ENST00000498751	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		12.24	□□□□□ -0.45
SYNE1-231	ENST00000498751	TOPBP1	Q92547	1522 aa		12.21	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		12.21	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	CEP162	Q5TB80	1403 aa		12.2	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		12.2	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	NES	P48681	1621 aa		12.19	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	12.18	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	12.16	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		12.16	□□□□□ -0.46
SYNE1-231	ENST00000498751	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	12.14	□□□□□ -0.47
SYNE1-231	ENST00000498751	WDR97	A6NE52	1622 aa		12.14	□□□□□ -0.47
SYNE1-231	ENST00000498751	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	12.13	□□□□□ -0.47
SYNE1-231	ENST00000498751	IGF1R	P08069	1367 aa		12.13	□□□□□ -0.47
SYNE1-231	ENST00000498751	POLA2	Q14181	598 aa		12.12	□□□□□ -0.47
SYNE1-231	ENST00000498751	CUX2	O14529	1486 aa		12.12	□□□□□ -0.47
SYNE1-231	ENST00000498751	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		12.08	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		12.08	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	CUL7	Q14999	1698 aa		12.07	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	CLIP1	P30622	1438 aa		12.07	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		12.06	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		12.05	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	WDR62	O43379	1518 aa		12.05	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	12.04	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		12.04	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		12.02	□□□□□ -0.48
SYNE1-231	ENST00000498751	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		12	□□□□□ -0.49
SYNE1-231	ENST00000498751	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		11.97	□□□□□ -0.49
SYNE1-231	ENST00000498751	ARAP1	Q96P48	1450 aa		11.96	□□□□□ -0.49
SYNE1-231	ENST00000498751	IFT140	Q96RY7	1462 aa		11.96	□□□□□ -0.49
SYNE1-231	ENST00000498751	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		11.95	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	MAP3K1	Q13233	1512 aa		11.95	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		11.94	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		11.94	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	ATXN8OS	P0DMR3	200 aa		11.92	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	HRC	P23327	699 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SYNE1-231	ENST00000498751	GRIN2B	Q13224	1484 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	PBRM1	Q86U86	1689 aa		11.88	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	11.88	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	ADAMTS12	P58397	1594 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	SAMD9	Q5K651	1589 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	POTEH	Q6S545	545 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	11.84	□□□□□ -0.51
SYNE1-231	ENST00000498751	ERCC6	Q03468	1493 aa		11.83	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	11.82	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	11.79	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		11.79	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	FMN1	Q68DA7	1419 aa		11.78	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	11.78	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	11.78	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	TIAM1	Q13009	1591 aa		11.78	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		11.77	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		11.77	□□□□□ -0.52
SYNE1-231	ENST00000498751	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		11.77	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		11.76	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		11.76	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	IQGAP2	Q13576	1575 aa		11.75	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		11.75	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	GRIN2A	Q12879	1464 aa		11.74	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	SYNJ2	O15056	1496 aa		11.73	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		11.72	□□□□□ -0.53
SYNE1-231	ENST00000498751	NUP160	Q12769	1436 aa		11.7	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		11.69	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	11.69	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	AKT1S1	Q96B36	256 aa		11.68	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	11.67	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		11.65	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		11.65	□□□□□ -0.54
SYNE1-231	ENST00000498751	DISP1	Q96F81	1524 aa		11.65	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	KIAA0556	O60303	1618 aa		11.64	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	CEP170	Q5SW79	1584 aa		11.64	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	HECW1	Q76N89	1606 aa		11.63	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		11.63	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	ARHGEF11	O15085	1522 aa		11.62	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	FBLN2	P98095	1184 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	11.59	□□□□□ -0.55
SYNE1-231	ENST00000498751	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		11.56	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	11.56	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	11.56	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		11.55	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	SHROOM2	Q13796	1616 aa		11.54	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	P3H3	Q8IVL6	736 aa		11.54	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	11.54	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		11.53	□□□□□ -0.56
SYNE1-231	ENST00000498751	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		11.52	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	SPDYE6	P0CI01	402 aa		11.52	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		11.52	□□□□□ -0.57

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