RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000378825.4

CCDC3-201, Transcript of coiled-coil domain containing 3, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CCDC3, Length 2,731 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3-201ENST00000378825 MAPKBP1O60336 1514 aa26.51■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 SIN3AQ96ST3 1273 aa26.51■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa26.49■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP26.49■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 FANCD2Q9BXW9 1451 aa26.47■■□□□ 1.83
CCDC3-201ENST00000378825 FKBP8Q14318 412 aa26.45■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 P3H3Q8IVL6 736 aa26.44■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 NESP48681 1621 aa26.44■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 ANP32EQ9BTT0 268 aa26.41■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 WDR97A6NE52 1622 aa26.4■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa26.4■■□□□ 1.82
CCDC3-201ENST00000378825 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP26.35■■□□□ 1.81
CCDC3-201ENST00000378825 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP26.34■■□□□ 1.81
CCDC3-201ENST00000378825 TRIM52Q96A61 297 aa26.33■■□□□ 1.81
CCDC3-201ENST00000378825 PHLDB1Q86UU1 1377 aa26.32■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 SETD5Q9C0A6 1442 aa26.31■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 DNAJC5BQ9UF47 199 aa26.3■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP26.28■■□□□ 1.8
CCDC3-201ENST00000378825 TIAM1Q13009 1591 aa26.26■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP26.26■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 TOPBP1Q92547 1522 aa26.25■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 DNMBPQ6XZF7 1577 aa26.22■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa26.2■■□□□ 1.79
CCDC3-201ENST00000378825 FHOD3Q2V2M9 1422 aa26.17■■□□□ 1.78
CCDC3-201ENST00000378825 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa26.16■■□□□ 1.78
CCDC3-201ENST00000378825 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP26.15■■□□□ 1.78
CCDC3-201ENST00000378825 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP26.11■■□□□ 1.77
CCDC3-201ENST00000378825 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP26.1■■□□□ 1.77
CCDC3-201ENST00000378825 NEFLP07196 543 aa26.09■■□□□ 1.77
CCDC3-201ENST00000378825 ANP32CO43423 234 aa26.08■■□□□ 1.76
CCDC3-201ENST00000378825 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP26.07■■□□□ 1.76
CCDC3-201ENST00000378825 FHAD1B1AJZ9 1412 aa26.07■■□□□ 1.76
CCDC3-201ENST00000378825 MAP3K1Q13233 1512 aa26.05■■□□□ 1.76
CCDC3-201ENST00000378825 CCER2I3L3R5 266 aa26.01■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 BCL11AQ9H165 835 aa26.01■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP26■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa25.98■■□□□ 1.75
CCDC3-201ENST00000378825 MSH5O43196 834 aa25.94■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 CFAP43Q8NDM7 1665 aa25.93■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 CUL7Q14999 1698 aa25.92■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa25.92■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 TONSLQ96HA7 1378 aa25.91■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 PDS5BQ9NTI5 1447 aa25.91■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 GAPVD1Q14C86 1478 aa25.9■■□□□ 1.74
CCDC3-201ENST00000378825 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa25.89■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 FYCO1Q9BQS8 1478 aa25.88■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP25.87■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 EFCAB5A4FU69 1503 aa25.87■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa25.86■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 PTPRKQ15262 1439 aa25.86■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa25.83■■□□□ 1.73
CCDC3-201ENST00000378825 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa25.82■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 CCDC18Q5T9S5 1454 aa25.82■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 FMN1Q68DA7 1419 aa25.8■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 MTUS2Q5JR59 1369 aa25.79■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 FGD6Q6ZV73 1430 aa25.79■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP25.78■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa25.78■■□□□ 1.72
CCDC3-201ENST00000378825 CCDC184Q52MB2 194 aa25.75■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 ARID3CA6NKF2 412 aa25.72■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 UACAQ9BZF9 1416 aa25.71■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 WASHC2AQ641Q2 1341 aa25.71■■□□□ 1.71
CCDC3-201ENST00000378825 KDM5BQ9UGL1 1544 aa25.7■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP25.7■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 HFM1A2PYH4 1435 aa25.68■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 PTPN23Q9H3S7 1636 aa25.68■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 NAIPQ13075 1403 aa25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 SAMD9Q5K651 1589 aa25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP25.67■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa25.65■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 CHIC2Q9UKJ5 165 aa25.65■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa25.64■■□□□ 1.7
CCDC3-201ENST00000378825 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP25.63■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 GRIN2BQ13224 1484 aa25.62■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 NCOA2Q15596 1464 aa25.61■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP25.58■■□□□ 1.69
CCDC3-201ENST00000378825 FOXD1Q16676 465 aa25.57■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 FAM9BQ8IZU0 186 aa25.56■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 FANCIQ9NVI1 1328 aa25.56■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa25.54■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 MYOM3Q5VTT5 1437 aa25.54■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP25.54■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa25.53■■□□□ 1.68
CCDC3-201ENST00000378825 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP25.51■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 PBRM1Q86U86 1689 aa25.51■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 MRC2Q9UBG0 1479 aa25.51■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 ERICH6Q7L0X2 663 aa25.49■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP25.48■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 KDM6BO15054 1643 aa25.47■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 L3MBTL2Q969R5 705 aa25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 PPP4R2Q9NY27 417 aa25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 IQGAP2Q13576 1575 aa25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP25.46■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa25.45■■□□□ 1.67
CCDC3-201ENST00000378825 ADAMTS12P58397 1594 aa25.45■■□□□ 1.66
CCDC3-201ENST00000378825 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP25.45■■□□□ 1.66
CCDC3-201ENST00000378825 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP25.44■■□□□ 1.66
CCDC3-201ENST00000378825 MRS2Q9HD23 443 aa25.44■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26.2 ms