RNA–Protein interactions for RNA: YLL011W

SOF1, Transcript of Protein required for biogenesis of 40S (small) ribosomal subunit, yeast

Gene SOF1, Length 1,470 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SOF1	YLL011W	YOR223W	Q12015	292 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SNT2	P53127	1403 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	STU1	P38198	1513 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PHO5	P00635	467 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	LEU2	P04173	364 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NOT3	P06102	836 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CDC16	P09798	840 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SMY2	P32909	740 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	POA1	P38218	177 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SRP68	P38687	599 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SSZ1	P38788	538 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TPA1	P40032	644 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	IRC6	P43615	237 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YJR039W	P47107	1121 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SAP4	P53036	818 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YGR016W	P53209	190 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CUZ1	P53899	274 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	ADE12	P80210	433 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TPP1	Q03796	238 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SPT7	P35177	1332 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NUP170	P38181	1502 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-JR2	P47100	1755 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-ER2	Q03619	1755 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-MR1	Q04214	1755 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-MR2	Q04670	1755 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-LR1	Q12088	1755 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-NL1	Q12112	1755 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-GR1	Q12141	1755 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TY1B-BL	Q12490	1755 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SEM1	O94742	89 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	VAS1	P07806	1104 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YEL076C-A	P0CX16	216 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YLR464W	P0CX17	216 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CBP3	P21560	335 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NAR1	P23503	491 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	MCM3	P24279	971 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	ANP1	P32629	500 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	MAE1	P36013	669 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YEL076C	P39971	216 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YER010C	P40011	234 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	LYS14	P40971	790 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	BRE5	P53741	515 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	GIS4	Q04233	774 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YLR407W	Q06070	228 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YCG1	Q06680	1035 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RCL1	Q08096	367 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RPO21	P04050	1733 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	MYO4	P32492	1471 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	COQ4	O13525	335 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	NAT1	P12945	854 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CLB4	P24871	460 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	DGR2	P32330	852 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RPD3	P32561	433 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YBR138C	P38277	524 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	STT3	P39007	718 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	BEM4	P39011	633 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RRT14	P40470	206 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RPS0B	P46654	252 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PUS2	P53167	370 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	GPD1	Q00055	391 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	YKR011C	Q02209	353 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TIM50	Q02776	476 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	LEE1	Q02799	301 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TFC6	Q06339	672 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	OPT2	Q06593	877 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	THI21	Q08975	551 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RTK1	Q12100	620 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	HAL9	Q12180	1030 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	OSW2	Q12202	724 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SLP1	Q12232	587 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CYB2	P00175	591 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RPS17A	P02407	136 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	RPS17B	P14127	136 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	POL3	P15436	1097 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	ACE2	P21192	770 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	MDL2	P33311	773 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SET3	P36124	751 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SRP72	P38688	640 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	UME6	P39001	836 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CTF18	P49956	741 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	LYS5	P50113	272 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	HFM1	P51979	1187 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SDH1	Q00711	640 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SRC1	Q03707	834 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SNO4	Q04902	237 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	MFB1	Q04922	465 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	CSR1	Q06705	408 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	XYL2	Q07993	356 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	PUS7	Q08647	676 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	HSP33	Q08914	237 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	HSP32	Q08992	237 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	SMC6	Q12749	1114 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SOF1	YLL011W	FUM1	P08417	488 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
SOF1	YLL011W	RPC53	P25441	422 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SOF1	YLL011W	BYE1	P36106	594 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SOF1	YLL011W	GPT2	P36148	743 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SOF1	YLL011W	CAJ1	P39101	391 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SOF1	YLL011W	PES4	P39684	611 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SOF1	YLL011W	YMR210W	Q03649	449 aa		4.83	□□□□□ -1.64

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