Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLIP3Q96DZ5 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms