Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USF3Q68DE3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms