Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIM2P55344 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIM2P55344 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIM2P55344 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIM2P55344 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIM2P55344 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms