Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL18A1P39060 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms