Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIG1P18858 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIG1P18858 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIG1P18858 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms