Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
COL3A1P02461 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL3A1P02461 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms