Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SDC1P18827 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SDC1P18827 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SDC1P18827 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
SDC1P18827 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
SDC1P18827 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
SDC1P18827 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SDC1P18827 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms