Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP3Q9Y3E7 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms