Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
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