Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
RPUSD4Q96CM3 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
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