Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDCBPO00560 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDCBPO00560 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDCBPO00560 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDCBPO00560 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
SDCBPO00560 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
SDCBPO00560 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SDCBPO00560 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms