Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms