Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CHD3Q12873 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 179.2 ms