Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIM2P55344 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms