Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHMP3Q9Y3E7 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms