Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS54Q9P1Q0 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms