Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms