Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM28Q13263 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM28Q13263 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
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