Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LMX1BO60663 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LMX1BO60663 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms