Protein–RNA interactions for Protein: Q6STE5

SMARCD3, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCD3Q6STE5 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMARCD3Q6STE5 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms