Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM28Q13263 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
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