Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms