Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CHD3Q12873 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
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