Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMD1Q9UGP4 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMD1Q9UGP4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
LIMD1Q9UGP4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMD1Q9UGP4 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMD1Q9UGP4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms