Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS35Q96QK1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS35Q96QK1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS35Q96QK1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS35Q96QK1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms