Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.17■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
RTL3Q8N8U3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
RTL3Q8N8U3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
RTL3Q8N8U3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
RTL3Q8N8U3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms