Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM40Q6P9F5 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM40Q6P9F5 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TRIM40Q6P9F5 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 212.8 ms