Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSX2P35548 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSX2P35548 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSX2P35548 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSX2P35548 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSX2P35548 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSX2P35548 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSX2P35548 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSX2P35548 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSX2P35548 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSX2P35548 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSX2P35548 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSX2P35548 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSX2P35548 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSX2P35548 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSX2P35548 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSX2P35548 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSX2P35548 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX2P35548 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX2P35548 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX2P35548 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX2P35548 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX2P35548 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX2P35548 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSX2P35548 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSX2P35548 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSX2P35548 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSX2P35548 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSX2P35548 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSX2P35548 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSX2P35548 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSX2P35548 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSX2P35548 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSX2P35548 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSX2P35548 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSX2P35548 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSX2P35548 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSX2P35548 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSX2P35548 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSX2P35548 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSX2P35548 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSX2P35548 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSX2P35548 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSX2P35548 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX2P35548 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MSX2P35548 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX2P35548 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX2P35548 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX2P35548 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX2P35548 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX2P35548 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSX2P35548 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX2P35548 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX2P35548 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSX2P35548 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX2P35548 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX2P35548 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX2P35548 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX2P35548 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSX2P35548 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSX2P35548 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
MSX2P35548 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
MSX2P35548 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX2P35548 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX2P35548 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX2P35548 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX2P35548 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSX2P35548 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSX2P35548 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX2P35548 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX2P35548 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX2P35548 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
MSX2P35548 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSX2P35548 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSX2P35548 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSX2P35548 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.43
MSX2P35548 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSX2P35548 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSX2P35548 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSX2P35548 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSX2P35548 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSX2P35548 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSX2P35548 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSX2P35548 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms