Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL9A1P20849 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL9A1P20849 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL9A1P20849 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
COL9A1P20849 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL9A1P20849 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL9A1P20849 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
COL9A1P20849 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A1P20849 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A1P20849 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL9A1P20849 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms