Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms