Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
KLHL28Q9NXS3 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms