Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS53Q5VIR6 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms