Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms