Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

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Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SCN3AQ9NY46 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
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