Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms