Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A3P25940 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A3P25940 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A3P25940 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A3P25940 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL5A3P25940 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL5A3P25940 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A3P25940 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A3P25940 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A3P25940 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A3P25940 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A3P25940 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A3P25940 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL5A3P25940 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms