Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SDC1P18827 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SDC1P18827 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SDC1P18827 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SDC1P18827 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDC1P18827 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms