Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC54Q8NEL0 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms