Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms