Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC87Q9NVE4 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC87Q9NVE4 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms