Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXA4Q00056 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms