Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms