Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMD1Q9UGP4 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms