Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP28Q96RU2 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms