Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC43Q96MW1 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC43Q96MW1 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms